Den ersten Kontakt mit dem Krankheitsbild Myalgische Enzephalomyelitis/Chronisches Fatigue Syndrome (ME/CFS) hatte Michael Stark an der Universität Hamburg im Jahr 1986 über Kontakte mit einer Selbsthilfegruppe zum Thema MCSS (Multiple Chemical Sensitivity Syndrom) und CFS (Chronisches Fatigue Syndrom). Er organisierte in diesem Zusammenhang z.B. einen Kongress Anfang der 90er Jahre zum Thema Mensch – Psychiatrie – Umwelt. Schon früh begann er mit einem selbst betroffenen Kollegen Internetseiten mit Informationen zu diesem Thema aufzubauen auch erste Fachinformationen zu publizieren. 1999 erhielt er die Gelegenheit als Chefarzt eine neue psychiatrischen Fachabteilung am Asklepios Westklinikum Hamburg aufzubauen. Er konnte durchsetzen, dass die Abteilung vollständig von Farbe, Teppichkleber bis zu Naturholzmöbeln nach ölologischen Gesichtspunkten ausgestattet wurde. Dort traf er dann immer wieder auf Menschen, die an ME/CFS erkrankt waren. Oft hatten sie zahlreiche Arztbesuche hinter sich und erhielten am Ende die Diagnose „Somatisierungsstörung oder depressive Erkrankung“ – eine häufig gestellte Fehldiagnose, die aus der Unkenntnis vieler Ärzt*innen über das Krankheitsbild ME/CFS resultiert. Betroffene litten an Fatigue (einer sehr starken Erschöpfung) und an zahlreichen Symptomen, die zwar Ähnlichkeiten zu psychischen Erkrankungen aufwiesen, doch ME/CFS betrifft den gesamten Organismus und das Immunsystem richtet sich permanent gegen den eigenen Körper. ME/CFS ist keine psychische Erkrankung. Die Weltgesundheitsorganisation (WHO) klassifiziert ME/CFS als neurologische Erkrankung unter dem ICD-Schlüssel G93.3.

Aufgrund seiner Vorerfahrungen mit dieser Erkrankung konnte er diesen Patienten eine dem Krankheitsbild entsprechende Therapie anbieten, nämlich Schulung im Verständnis der körperlichen immunologischen Zusammenhänge und der Bedeutung des Pacings, der Achtsamkeit, die Leistungsgrenzen nicht zu überschreiten. Ab 2010 gelang es ihm durch Kooperation mit dem Sportwissenschaftler Dr. Ziaja, der Messmethoden für die Leistungsfähigkeit von Hochleistungssportlern entwickelt hatte, eine mögliche Ursache der nachhaltigen Erschöpfung und mangelnden Regenerationsfähigkeit bei ME/CFS Erkrankten sichtbar zu machen: ein völlig aus dem Ruder gelaufenes in der Sympathikusüberaktivierung festgefressenes autonomes Regulationssystem.

Im Juni 2013 verließ er die Abteilung für Psychiatrie und Psychotherapie am Asklepios Westklinikum, um sich im Rahmen seines neu gegründeten Prof. Stark Instituts der Diagnostik und Therapie von psychischen und körperlichen Belastungssymptomen zu widmen. In seiner Praxis in Hamburg und in interdisziplinärer Zusammenarbeit mit weiteren Medizinern aus anderen Fachgebieten betreut er bis heute Betroffene.